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AGO蛋白在miRNA通路中發揮多種功能。它們通過產生ac-pre-miRNA，參與了miRNA裝配的過程，同時它們是RISC效應器蛋白，介導mRNA降解、去穩定作用或者轉錄抑制。另外，AGO2蛋白可以在轉錄后調控調節miRNA豐度，內源性Ago2的減少會降低成熟miRNA的表達和活性。Ago2的這個特殊功能是獨立于它的剪切功能及內切酶活性的。
1 人類AGO2蛋白
圖1 人源AGO2基因染色體及cDNA結構圖
盡管所有的Argonaute蛋白都具有Piwi結構域，但并非所有的Argonaute蛋白都具有剪切活性。研究表明，人體內4中AGO蛋白（EIF2C1/hAGO1，EIF2C2/hAGO2，EIF2C3/hAGO3，EIF2C4/hAGO4）中，只有EIF2C2/hAGO2具有剪切活性。進一步研究顯示，RNase H酶的活性位點包括一個天冬氨酸-天冬氨酸-谷氨酸/天冬氨酸肽鏈（Asp-Asp-Glu/Asp motif），正是這段肽鏈與Mg2+結合。人體AGO1及AGO4蛋白中的肽鏈都和這段保守的天冬氨酸-天冬氨酸-組氨酸肽鏈不同，而AGO3雖然擁有相同的保守肽鏈，在體外實驗中同樣未表現出剪切活性。體外實驗中，通過突變改變人體AGO2這段保守序列后，AGO2失去剪切活性。
表1 基因沉默中可能與AGO2相互作用的蛋白
為得到AGO2蛋白具有剪切功能的直接證據，Meister構建了EGFP標記的報告基因。將此報告基因轉染Hela細胞，篩選得到穩定表達的細胞株。向此細胞株中轉染與報告基因的3’-UTR互不配對的全長miR16。一段時間培養后，實驗組（轉染miR16）Hela細胞表達的綠色熒光明顯減弱，對照組（未轉染miR16）熒光無明顯變化，證實EGFP標記的此報告基因可被miR16抑制表達。選取實驗組細胞，分別敲除AGO1-4。與未敲除細胞相比，敲除AGO1/ AGO3/ AGO4組細胞熒光表達無明顯變化；敲除AGO2組細胞熒光表達明顯上調。證實在miRNA介導的對靶mRNA的降解過程中，只有AGO2具有剪切活性，能夠剪切mRNA。
2 AGO2影響miRNA作用的發揮
（1）AGO2參與miRNA裝配過程
在細胞核中，RNA合成酶II或III產生Pri-miRNA轉錄本，接著Drosha-DGCR8復合物對pri-miRNA進行剪切，獲得的前體發夾結構，pre-miRNA，被Exportin-5-Ran-GTP從細胞核轉移到細胞質。RNA酶Dicer與雙鏈RNA結合蛋白TRBP的復合物剪切pre-miRNA 為它的成熟長度。成熟miRNA的功能鏈被Ago2裝配到RNA介導沉默復合物RISC上，它引導RISC，通過mRNA剪切、轉錄抑制或脫腺苷化對靶mRNA進行沉默，而信使鏈則被分解。
圖2 miRNA生產過程的“線性化”經典途徑
（2）AGO2的修飾調節AGO2的活性機制
在細胞應激條件下，人AGO2蛋白可以在Ser387殘基被p38 MAP激酶磷酸化有助于AGO2定位到處理器processing bodies上。P-bodies是非轉錄mRNA和與mRNA翻轉、轉錄抑制相關的多種酶系的累積場所，包括AGO2蛋白和miRNAs。
圖3 miRNA生產過程因子的調控
（3）RISC裝配復合物（RLC）：Dicer、TRBP和PACT與AGO2的連接
RISC是miRNA通路的細胞質效應器，包括一個單鏈miRNA將它引導至其靶mRNA。細胞質miRNA的處理和RISC的裝配都是被RLC所介導。RLC是一個多蛋白復合物，包括RNase Dicer、雙鏈RNA結合蛋白復合物TRBP（Tar RNA binding protein）和PKR的蛋白激活物PACT，其核心組分為AGO2，介導RISC作用于mRNA靶位點。
Dicer和TRBP相互作用，而后被Ago2招募，形成三體復合物，結合被轉運的pre-miRNA組成RISC裝配復合物RLC。
圖4 Dicer、TRBP與AGO2的連接
（4）AGO2介導pre-miRNA的剪切：ac-pre-miRNA
由于miRNA的發夾莖環結構上序列互補程度非常高，在Dicer介導的序列剪切之前需要一個額外的內切核苷酸的剪切步驟：AGO2的剪切功能被激活，剪切發夾結構的3’ 臂——預期為信使鏈的中間，得到一個帶缺口的發夾架構，產生AGO2-剪切的miRNA前體或稱為ac-pre-miRNA。Dicer處理這個前體和pre-miRNA的效率是一樣的。
圖5 AGO2介導pre-miRNA的剪切
3 AGO2的實驗應用
AGO2是RISC的核心組分，聯系著miRNA和它們的mRNA靶位點。因此，在合適的條件下對AGO2的免疫純化（IP）可以獲得相互結合的miRNA和mRNA，從而識別miRNA的靶位點。還可以進行免疫熒光，檢測三者復合物在細胞內的定位。
圖6 結合AGO2的RNA的系統分選與鑒定